Bishoujo Senshi Sailor Moon R est basé sur la deuxième saison. Le joueur peut désormais contrôler les autres Inner Senshi, par opposition au jeu original où seule Usagi était jouable.

Deux modes sont disponibles : le Story Mode et le Arcade Mode. En mode Histoire, le joueur commence avec Usagi. Chibi-Usa puis les Inner Senshi se rejoignent progressivement au fil des chapitres. Le gameplay alterne entre une phase d'exploration sur carte — où le joueur interagit avec d'autres personnages — et des niveaux de plateforme qui se terminent par un combat de boss.

En mode Arcade, le joueur choisit directement un personnage et les phases narratives sont ignorées. Dans les deux modes, le jeu se conclut après cinq étapes. On peut ramasser des objets de soin — cœurs et tranches de gâteau — et des diadèmes qui renforcent temporairement les attaques.